La déductibilité des frais revêt une importance particulière à Malte, compte tenu du fait que l'application du mécanisme de restitution de l'impôt aux associés implique la répartition des bénéfices taxés au niveau de l'entreprise. De ce fait, il est important que l'entreprise ait des bénéfices comptables disponibles pour la distribution, afin de garantir la restitution de l'impôt versé.
Dans le cadre de la détermination de la base imposable, il est possible de déduire du revenu de l'entreprise les frais et charges ayant été, effectivement et exclusivement, utilisés dans la production. Il ne suffit pas de démontrer qu'une dépense donnée constitue des frais d'entreprise ou est liée au revenu, il est impératif de démontrer que la dépense a été effectivement engagée dans la production du revenu.
Par conséquent, les frais antérieurs au début de l'activité ou ultérieurs à la clôture de l'activité ne sont, en règle générale, pas déductibles.
La loi fiscale compte un ensemble de règles spécifiques qui régissent la déductibilité de différents types de frais.