A dedutibilidade de despesas é de particular importância em Malta já que a aplicação do mecanismo de devolução de imposto aos sócios implica a distribuição dos lucros tributados a nível da empresa.
Por isso é importante que a empresa tenha lucros contabilísticos disponíveis para distribuição para garantir a devolução do imposto pago.
Na determinação da matéria coletável é permitido deduzir as despesas e encargos que tenham sido efetivamente e exclusivamente utilizados na produção do rendimento da empresa. Não é suficiente demonstrar que uma determinada despesa é uma despesa da empresa ou que está ligada ao rendimento, é imperativo mostrar que a despesa foi de facto utilizada na produção do rendimento.
Consequentemente, despesas anteriores ao início de atividade ou posteriores ao fecho da atividade, em geral, não são dedutíveis.
A Lei fiscal tem uma série de regras específicas que regulam a dedutibilidade de diversos tipos de despesas.